Внутренняя энергия, есть сумма энергий поступательного и вращательного движений атомов молекул (а так же потенциальной энергии взаимодействия молекул друг с другом, энергии электронов в атомах молекулы, внутриядерной энергии и др), а температура как раз таки и есть показатель интенсивности теплового движения , то она определяет скорость движения молекул, следовательно при изменении температуры воды в первом стакане, её внутренняя энергия уменьшилась, а вот во втором стакане, внутренняя энергия не изменилась.
Вообще, строго говоря, любой проводник, если только это не сверхпроводник, обладает ненулевым сопротивлением, а значит потенциал в начале проводника и в его конце все-таки будет немного отличаться, однако на практике сопротивлением проводов принято пренебрегать, т.к. по сравнению с сопротивлением полезной нагрузки оно чрезвычайно мало. в электроэнергетике сопротивление проводов (активное и индуктивное) учитывают обязательно, т.к. потребитель может находиться за многие десятки и сотни километров от места генерации энергии.