В Восточной Африке богата фауна кораллов (около 400 известных видов). Там же распространены более 400 видов иглокожих и 500 видов мшанок. Фауна морских моллюсков менее разнообразна в водах Атлантического побережья, более разнообразна — в тропическом западном регионе Индийского океана (более 3000 видов брюхоногих моллюсков). Наибольшее разнообразие пресноводных моллюсков можно найти в Восточно-Африканских озёрах.
Около 100 000 видов насекомых распространены в Африке к югу от Сахары. Было подсчитано, что африканские насекомые составляют около 10—20 % от мирового разнообразия насекомых.
Во влажных климатических зонах распространены малярийные комары и муха цеце, являющаяся переносчиком возбудителя сонной болезни и других трипаносомозов человека, диких и домашних животных.
Африка из всех континентов наиболее богата видами пресноводных рыб (около 3000 видов). Восточно-Африканские озёра (Виктория, Малави и Танганьика) являются центром биоразнообразия пресноводных рыб.
Максимальное разнообразие морских рыб наблюдается в прибрежных водах Индийского океана (около 2000 видов).
В Африке обитает множество птиц (более 2500 видов, из них 114 находится под угрозой исчезновения). Наиболее характерные представители — нектарницы, птица-секретарь, африканский страус. Кроме того, в Африке обитают попугаи (например, жако), турако, цесарки, птицы-носороги, марабу и другие аисты, пингвины (единственный представитель — очковый пингвин) и большое количество видов воробьинообразных (около 1500 видов).
В Африке обитает около 1100 видов млекопитающих. Как место большого распространения млекопитающих особенно известно Восточно-Африканское плоскогорье.
Тропический экваториальный и субэкваториальный пояс населяют разнообразные млекопитающие: окапи, антилопы (дукеры, бонго), карликовый бегемот, кистеухая свинья, иглохвостая летяга, виверры. В африканской фауне 64 вида приматов (мартышки, павианы, галаго), включая четыре вида человекообразных обезьян: два вида горилл и два вида шимпанзе. На Мадагаскаре распространены лемуры и руконожки.
С доисторических времен в Африке сохранилось наибольшее количество представителей мегафауны. Нигде в мире нет такого обилия крупных животных, как в африканской саванне: слоны, бегемоты, львы, жирафы, леопарды, гепарды, бородавочник, антилопы (канны, гну, газели), кафрские буйволы, чёрные и белые носороги, зебры, обезьяны, гиены, дикобразы. В саваннах и полупустынях обитает и множество мелких млекопитающих, таких как грызуны, зайцеобразные, сурикаты и многие другие.
