По своему рельефу Море Лаптевых — батиальная равнина, пологая в его южной части и круто обрывающаяся к ложу океана. Глубины менее 100 м занимают около 70%, а более 1000 м — 18% площади Моря Лаптевых.
Рельеф дна южной (шельфовой) части Моря Лаптевых очень сложный; здесь наблюдаются многочисленные депрессии эрозионного и тектонического происхождения, продолжения подводных русел современных рек, а также мелководья и банки. Материковый склон прорезан глубоководным желобом Садко, который на севере переходит в котловину Нансена.
В мелководных районах Моря Лаптевых осадки состоят из песка и ила, иногда с добавлением гальки и валунов. На больших глубинах наблюдаются илы. На осадкообразование в прибрежной зоне Моря Лаптевых большое влияние оказывают реки, в особенности Лена (11,3 млн. т взвешенных наносов в год) и Яна (6,2 млн. т взвешенных наносов в год) . Намыв осадков и эрозия берегов тому, что скорость осадкообразования в прибрежной зоне может достигать 25 см/год. В восточной части Моря Лаптевых под слоем осадков нередко встречается реликтовый лед.
