Около 13 миллионов лет назад была разрушена перемычка между Антарктическим полуостровом и Южной Америкой, вследствие этого, а также под воздействием западных ветров, преобладающих в этих широтах, возникло Антарктическое циркумполярное течение (течение Западных Ветров). Это течение заблокировало перенос более теплого воздуха из умеренных широт в район Антарктиды, в результате на самом южном континенте развилось мощное покровное оледенение мощностью местами более 3 км.
С климатической точки зрения Сахара превратилась в пустыню примерно 5 млн лет назад, в начале плиоцена, после чего влажность климата испытывала кратко- и средне колебания; в частности, в период неолитического субплювиала Сахара в последний раз была саванной. Современный аридный климат длится около 10 тыс. лет. По всей видимости, антропогенный фактор внёс свой вклад, увеличив отражательную поверхности и снизив суммарное испарение. Очевидно, выпас крупного рогатого скота в течение 7 тыс. лет на территории пустыни и её границах закрепил данные условия, и климат Сахары за последние 2 тыс. лет почти не изменился. Значительное отклонение условий от нормальных наблюдали с XVI по XVII век, когда в Европе длился так называемый Малый ледниковый период. В это время значительно увеличились осадки вдоль тропической границы, в самой пустыне и, возможно, в её северных районах. В XIX веке климатические условия вернулись к тем, которые похожи на текущие
