У водах Індійського океану серед неймовірних за красою коралових конструкцій живе величезна кількість яскраво забарвлених рибок, губок, молюсків, рачків, крабів, черв'яків, морських зірок, їжаків, черепах, анчоусів, які світяться, риб-вітрильників.
Зустрічаються також небезпечні для людини види: восьминоги, медузи, отруйні морські змії і акули. Велика кількість планктону є основною їжею для таких великих риб, як акули і тунці.
У мангрових заростях живе голчастим стрибун - риба, здатна досить довго перебувати на суші, завдяки особливій будові тіла. У прибережних водах водяться сардинели, кефалі, ставриди, морські соми. У південній частині мешкають білокровні риби.
У тропічних зонах можна зустріти рідкісних і незвичайних представників роду сирен - дюгонів, ну, і звичайно ж, дельфінів і китів.
Серед птахів найбільш поширені фрегати і альбатроси. Серед ендеміків - райська мухоловка і пастушкова куріпка. На південному узбережжі Африки і в Антарктиді живуть пінгвіни.
