Фауна заповедника типична для гор южной Сибири. Единственной особенностью является наличие птиц с происхождением из Центральной Азии. На территории заповедника обитают: соболь, рысь, росомаха, выдра, олень, изюбр, косуля, лось и, конечно же, хозяин здешних мест, «король» - медведь. Ихтиофауна заповедника представлена 18 видами, основные из которых - таймень, хариус и ленок.
