Династия Рюриковичей правила с 862 по 1598 год, итого 736 лет. В процесе образования централизованного Русского государства, дробление уделов у московских Рюриковичей постепенно было заменено на единонаследие, аналогичное европейскому майорату, с чисто символическими уделами для некоторых младших царевичей. Поэтому права на наследование престола получили только московские Рюриковичи, но не младшие рода Шуйских, Одоевских и др. Вскоре после этого династия московских Рюриковичей пресеклась: Иван Иванович погиб до смерти своего отца Ивана Грозного, а править стал слабоумный Фёдор Иванович "Блаженный", у которого детей не было. После него Земский собор выбрал царем Бориса Годунова.
1. Колегія розглядала скарги на генеральний суд та ратушні суди, військову Канцелярію, полкові та всі інші Канцелярії, була своєрідним апеляційним органом.
2. Також вона мала гати за своєчасним збором та спрямуванням в царську казну хлібних, грошових та інших зборів.
3. Із зібраних грошей колегія мала роздавати платню Гетманській раді, Сердюкам і Компанійцям.
4.Ще одним із обов'язків колегії було вести прибуткові і видаткові книги, надсилати відомості про прибутки і витрати кожну третину року, а кожен рік надсилати прибуткові книги з Прокурором в Сенат.
5. Колегія мала гати за розподілом військового постою на так званих «вінтер-квартирах», а також, якщо виникнуть скарги на когось з цих військових, то в повноваженнях колегії було чинити суд.
за діяльностю Генеральної військової канцелярії також входило в повноваження Малоросійської колегії, як і перевірка гетьманських універсалів та інших документів — щоб гетьманським іменем не підписувались писарі та інші.