По официальной версии, смертельно ранен отцом во время ссоры в Александровской слободе в ноябре 1581 года (согласно наиболее распространенной точке зрения, ссора произошла 14 ноября, а царевич умер 19 ноября, но ряд источников дают другие даты).
Лета 7089 государь царь и великий князь Иван Васильевич сына своего большаго, царевича князя Ивана Ивановича, мудрым смыслом и благодатью сияющаго, аки несозрелый грезн дебелым воздухом оттресе и от ветви жития отторгну осном своим, о нем же глаголаху, яко от отца ему болезнь, и от болезни же и смерть. («Мазуринский летописец»)
Временник дьяка Ивана Тимофеева содержит следующие сведения о смерти царевича не являющиеся доказательными: «так как некоторые говорят, 35 что жизнь его угасла от удара руки отца за то, что он хотел удержать отца от некоторого неблаговидного поступка. ».Известно, что слухи не являются достаточным поводом для утверждений подобного рода
Череп, найденный при вскрытии захоронения Ивана Ивановича, был в очень плохом состоянии из-за распада костной ткани, что подтверждает версию о насильственной смерти царевича
Именно в это время у монгольских племён происходит разложение родоплеменного строя, появляется частная собственность. Но в отличие от стран Западной и Восточной Европы это была собственность не на землю, а на стада и пастбища, так как монголы были кочевниками-скотоводами. Большое количество табунов лошадей, превосходные пастбища давали возможность отдельным семьям выделиться в хозяйственном отношении. Из среды рядовых общинников-скотоводов (аратов) начинает выделяться родоплеменная знать – нойоны (князья), которые владели большими пастбищами и стадами. Рядовые монголы-араты попадали в зависимость от знати, работали на неё. Из-за нехватки пастбищ возникали кровавые конфликты. Для захвата новых пастбищ у общин скотоводов нойоны заводили дружины нукеров (воинов) с багатурами (богатырями).
С самого начала государство у монголов оказалось военизированным. Кочевое скотоводство вело к истощению пастбищ, истощение пастбищ – к борьбе за новые пастбища. Отсюда – захват земель соседних племён, стремительные передвижения на огромные расстояния. С раннего возраста мальчика сажали на лошадь и учили обращению с луком – в итоге он вырастал крепким и мужественным бойцом. Во второй половине XII века между монгольскими племенами началась борьба за лидерство. Те, кто побеждал, подчиняли своих противников. Рождение государства сопровождалось войнами между племенами и союзами племён, возвышением нойонов, их отчаянными схватками между собой.