Вскоре город охватили беспорядки, высокопоставленные чины сдавались и бежали на сторону Ивана, а оставшиеся крестьяне и их управленцы вскоре согласились на капитуляцию. Войдя в город как победитель, Иван III в знак превосходства снял вечевой колокол, после чего символ города был украден и перенесен в Москву. Этот жест указал на то, что теперь Иван III лишил жителей города права голоса, а символ их демократии теперь принадлежит ему. Таким образом Новгород раз и навсегда потерял свою независимость.
Система государственного управления эпохи Московской Руси была крайне бюрократизирована. Если на момент её создания при Иване III приказов (или "изб") было немного, всего 7, то к наступлению эпохи первых Романовых их число возросло до нескольких десятков (особенно интенсивно шла бюрократизация при Алексее Михайловиче). Количество чиновников, именовавшихся судьями, дьяками и подьячими, в приказах постоянно возрастало. Юрисдикции многих приказов пересекались, и, соответственно, росло количество учреждений, которые нужно было миновать каждой официальной бумаге. Поэтому система приказов сильно задерживала развитие России, и была ликвидирована в ходе реформ Петра I.
В каждом приказе имелось несколько рангов чиновников, которые назывались судьи, дьяки и подьячие. Судьи были чиновниками высшего ранга, главные судьи набирались из бояр и знатных дворян, прочие же - из выслужившихся дьяков. Судьи имели полномочия принимать решения, в то время, как дьяки и подьячие занимались бумажной работой.
По мере роста количества приказов часто оказывалось, что их юрисдикции становятся крайне размыты, в ведомство приказов попадали дела вне их официальной, обозначенной в названии, юрисдикции. Поэтому приказная система была крайне запутанной и сложной.
Немой сейм положил конец попыткам Августа II установить абсолютизм на территории союзного государства; сам он решил сконцентрироваться на сохранении своего сына Августа на этом престоле. Несмотря на наличие ряда положительных реформ (например, установление налогов для финансирования армии), роль самого сейма современные историки оценивают как негативную. Сокращение размера вооружённых сил и указание России как гаранта соглашений (даже если последнего и не было на самом деле) привело к ослаблению страны и её неофициальному превращению в российский протекторат. Российский царь теперь получал право вмешиваться во внутреннюю политику своего западного соседа. С уменьшенной армией, уходом саксонских солдат и отменой права на конфедерацию, аристократия и король уже не могли бороться как друг с другом, так и с внешними угрозами. Российские войска для поддержки королевской оппозиции оставались на территории содружества ещё два года, пока Россия не договорилась с другими державами о прекращении попыток реформирования и усиления Речи Посполитой. Тем самым, Немой сейм стал одним из первых прецедентов навязывания Польше внутренней политики, выгодной иностранным державам, и предшественником трёх её разделов. Историк Норман Дэвис назвал этот сейм «эффективным уничтожителем независимости Польши и Литвы». Созданная Немым сеймом политическая система до конца XVIII века, когда новая волна реформ привела к возникновению конституции 3 мая 1791 года и итоговому разделу страны между её соседями: Австрией, Пруссией и Россией в 1795 году.