Огромное влияние на дальнейшее социально-экономическое и политическое развитие империи оказали Реформация, крестьянская война 1525-1527 гг. и вызванная ими Тридцатилетняя война 1618 – 1648 гг. реформация еще больше разъединила германию по признаку вероисповедания на протестантскую (север) и католическую (юг) части. Тридцатилетняя война явилась феодальной реакцией на Реформацию и выступление крестьянства. Она привела к ослаблению городов и буржуазии, восстановлению крепостного права в самых жестоких формах, дальнейшему усилению княжеской верхушки и закреплению раздробленности Германии. Начиная с XIII в. центральный аппарат империи во главе с императором лишь номинально являлся носителем государственной власти, а фактически находился в руках или под контролем курфюрстов. После окончательного установления верховенства римских пап над церковью император утратил положение главы церкви и перестал наделять епископов и аббатов церковными полномочиями. По Вормсскому конкордату 1122 г. духовную инвеституру отныне осуществлял папа. Император мог присутствовать на выборах церковников, но осуществлял только светскую инвеституру – наделял каноников земельными владениями.
Избрание императора стало производиться узкой коллегией князей, которая при избрании перестала учитывать права наследников умерших императоров. Император продолжал оставаться верховным судьей. Но эта прерогатива императора осталась, по существу, единственной и к тому же постепенно утрачиваемой. Император практически лишился возможности облагать налогами подданных и получал доходы только со своих собственных земель. Если же в связи со смертью вассала и отсутствием у него наследников, в казну отходили земли вассалов императора, то германское право требовало передачи таких земель другим вассалам (принцип принудительного леном). Попытки Фридриха Барбароссы возобновить императорские регалии – права на доходы от использования дорог и рек, от портов, таможен и монетных дворов, а также ввести подушевой и земельный налог окончились безрезультатно. Имперская власть не смогла создать систему центральных имперских учреждений и королевскую бюрократию. Империя не имела фактически столицы, казначейства, профессиональной канцелярии, центрального суда. После гибели династии Штауфенов в борьбе с папами в Германии с 1250 по 1273 гг. не было императора. В этот период междуцарствия были утрачены многие коронные земли и регалии, отошедшие князьям. В дальнейшем до 1356 г. императорский титул поочередно присваивался представителям многих династий, пока в 1438 г. окончательно не закрепился за Габсбургами. Император исполнял в основном функции военного и внешнеполитического координатора действий немецких феодалов. Это положение было юридически санкционировано «Золотой буллой» 1356 г., изданной германским императором и чешским королем Карлом IV.
