С ранних лет состоял комнатным стольником при государе Фёдоре Алексеевиче и потом при Петре Алексеевиче. Участвовал в забавах царя Петра I в составе потешных полков.
В 1693 году в чине стольника был с государем Петром I в Архангельске, и назначен двинским воеводой и губернатором в Архангельск. Наблюдал за постройкой на Соломбале первого казённого торгового корабля и заведовал снаряжением его, для отправки с товарами за границу, чем доставил величайшее удовольствие Петру I.
В 1696 году участвовал во втором Азовском походе Петра, после взятия Азова был произведен в полковники.
В 1697 году, накануне путешествия Петра за границу, ему был поручен главный надзор за судостроением в Воронеже.
В 1699 году принял участие в Керченском походе под начальством вице-адмирала Крюйса.
В 1700 году назначен главой Адмиралтейского приказа и губернатором крепости Азов. 18 февраля 1700 года званием адмиралтейца, и с этого времени до 1706 года заведовал вновь учреждённым Адмиралтейским приказом, постройкой флота в Воронеже, устройством и управлением морской части в Азовском крае. Имел в Воронеже свой дом
В 1702 году находился в плавании в Азовском море, производя исследование фарватера.
22 февраля 1707 года адмиралом и президентом адмиралтейств. В кампании этого года имел флаг на фрегате «Олифант».
В сентябре и октябре 1708 года успешно оборонял Санкт-Петербург от нападения шведского генерала Г. Либекера.
В мае 1709 года был произведен в генерал-адмиралы.
В июне 1709 года, боярин, генерал-адмирал, тайный советник Фёдор и боярин Пётр Матвеевичи Апраксины возведены, с нисходящим их потомством, в графское Российского царства достоинство.
В 1710 году определён азовским генерал-губернатором[2], тем не менее участвовал в событиях на северном театре военных действий.
В 1710 году содействовал взятию Выборга, стал кавалером ордена Святого Андрея Первозванного. Находился с флотом у Котлина, имея флаг на корабле «Рига».
В 1711 году начальствовал Азовским флотом и заведовал защитой Азовского края от неприятельского нападения. После неудачного Прутского похода, по заключении мира с турками, выполнил печальную обязанность срыть крепость Азов (чем и закончилось его азовское губернаторство).
В 1712 году, начальствуя сухопутной армией, предпринял поход в Финляндию.
Указом Петра I от 30 октября (10 ноября) 1712 года, направленным в Сенат из Карлсбада, был продемонстрирован особый статус Апраксина. Указ фактически представлял собой доверенность, предоставляющую Апраксину право действовать от имени царя: «Понеже для важных дел приедет к вам господин адмирал, по которого предложению неотменно все исправьте, понеже зело нужно»[4].
В 1713 году во главе галерного флота взял города Гельсингфорс и Борго, a 6 октября того же года, при содействии князя М. М. Голицына, одержал победу в бою при реке Пелькин. Оставаясь в Або, Апраксин исправлял и строил галерный флот.
В 1714 году командовал русским галерным флотом, действовавшим у шведских берегов. Под его командованием была одержана решительная победа в морском сражении у мыса Гангут 27 июля (7 августа) 1714 года.
Вскоре после этого подвергся следствию за разные злоупотребления и беспорядки в Морском ведомстве, оказавшиеся не столько по его вине, сколько по мягкости характера, был приговорен к денежному штрафу. Петр, желая вознаградить за эту потерю, в 1716 году подарил ему поместья, оставшиеся после смерти вдовствующей сестры царицы Марфы.
В 1715 году командовал корабельным флотом в плавании по Финскому заливу, имея флаг на корабле «Леферм».
В 1716 году с галерным флотом действовал против шведов в Финляндии, высылая отряды для нападения на шведские побережья.
В 1717 году, начальствуя корабельным флотом, крейсировал с ним в Балтийском море, имея флаг на корабле «Москва», и произвёл высадку на остров Готланд. 15 декабря 1717 года назначен президентом вновь учреждённой Адмиралтейств-коллегии. С 1718 года до самой смерти исправлял должность президента Адмиралтейств-коллегии, в 1719 году назначен также Ревельским губернатором.
