Научный вывод, сделанный Ермуханом Бекмахановым в книге «Казахстан в 20-е и 40-е годы XIX века», в ее части, посвященной движению под предводительством Кенесары Касымова, стал причиной опалы, которая привела к его аресту и приговору – 25 лет тюрьмы. Книга эта вышла в 1948 году, еще раньше материал этой книги был включен в «Историю Казахской ССР», изданную коллективом авторов в 1944 году. Но как только Ермухан Бекмаханов получил спустя два года степень доктора исторических наук, была дана команда на моральное уничтожение, и он подвергся жестокому преследованию и обструкции со стороны своих некоторых коллег.
Как водится, была разгромная статья в газете «Правда», автор был обвинён в «буржуазном национализме». Репрессии увенчались его осуждением в декабре 1952 года на 25 лет тюрьмы. Но соратникам по науке удалось добиться его освобождения спустя полтора года. Как раз умер Сталин и ворота ГУЛАГа стали повсюду выпускать сотни тысяч своих узников. В феврале 1954 года Ермухан Бекмаханов был освобожден и реабилитирован.
Руководство Казахстана, воспользовавшись делом Ермухана Бекмаханова, провело чистку в Академии наук Казахской ССР, «не задушившей национализм в зародыше». Академию наук возглавлял в то время Каныш Сатпаев.
Подверглись репрессиям Есмагамбет Исмаилов, Кажим Жумалиев и другие ученые, которые были осуждены. Каныш Сатпаев был вынужден уехать в Москву. Как только возникли разговоры об аресте, Мухтар Ауэзов тайком улетел в Москву и отсиделся там.
Движение, возглавляемое Кенесары Касымовым, в труде Ермухана Бекмаханова было охарактеризовано не как «феодально-монархическое», а «национально-освободительное движение казахского народа», что и привело к тому, что передовые казахские ученые были подвергнуты гонениям. Казахская наука была в панике.
