Противник Вильгельма, король Гарольд, был коронован и помазан на царство архиепископом Кентерберийским Стигандом, который, однако, ещё не был официально признан папской курией. Вильгельм отказался признать Гарольда королём и заявил собственные претензии на английский престол. Широкой европейской огласке была придана клятва Гарольда, совершённая на святых мощах во время поездки в Нормандию, а также было заявлено о том, что Эдуард признал своим наследником именно Вильгельма. Нарушение клятвы стало удобным поводом для папы римского Александра II, который надеялся укрепить позиции папства в Англии и сместить архиепископа-отступника Стиганда. Папа не только поддержал притязания нормандского герцога на английский престол, но и, вручив своё освящённое знамя, благословил участников вторжения. Это позволило Вильгельму придать своему мероприятию характер «священной войны».
За долгие годы многие ценности (в частности золотой алтарь) были вывезены, старинные настенные фрески закрасили известью, архитектурный ансамбль дополнен минаретами, православная символика сменена мусульманской. Но, даже не смотря на это, собор Святой Софии не утратил своего великолепия и по-прежнему считается одним из величайших храмов мира.