Військо поділялось на 38 куренів. В курені було від 30 до 100 козаків. Найвищим органом влади була спільна рада, яка скликалась 1 січня. Кожен козак мав право на свій голос. Рада могла зібратись навіть на вимогу рядового козака. Запорожці між собою називались товаришами. це означає, що на Січі всі чоловіки ставали рівними. Кошовий отаман мав необмежену владу, проте не міг приймати важливих рішень без згоди всього товариства.
Другими за значенням у Війську Запорізькому були військовий суддя, писар, бунчужний, скарбник, хорунжий, осавул.
Третє місце посідали курінні отамани, які стежили за ресурсами табору.
Військо Запорозьке не поділялося на піхоту, кінноту та флот. Козак, який мав коня, був вершником, а втративши його, ставав пішим. Кожен міг сидіти за гарматою (до речі, козаки ніколи не виготовляли своїх гармат - вони відбивали їх у ворогів).
Якщо козаки вирушали у морський похід, то всі ставали матросами.
