Масса молекулы водорода, состоящей из двух атомов водорода рассчитывается исходя из массы отдельных атомов, путем обычного суммирования двух масс атома водорода.
Масса молекулы водорода, состоящей из двух атомов протия(самого распространенного изотопа водорода), с формулой H2, соответственно, будет равна приблизительно 2,016 а.е.м, где 1 а. е. м. = 1,660 539 066 60(50)⋅10−27 кг. - атомная единица массы, определяемая как 1/12 массы атома углерода-12 в состоянии покоя.
Масса молекулы, состоящей из комбинации двух изотопов водорода, рассчитывается так же с учетом массы отдельных атомов-изотопов, составляющих данную молекулу.
Так же возможна ионизированная форма молекулы водорода, массу которой можно получить тем же затем отнять от неё массу 1 электрона.
Щоб отримати воду як чисту речовину потрібно використати методи розділення сумішей як випаровавання та дистиляція.