Узнав о том, что Кирибеевич прилюдно делал Алене Дмитриевне непристойные предложения, выставив на поругание ее честное имя, Калашников принял решение выйти на кулачный бой с подлым опричником, чтобы наказать за позор своей семьи. Понимая, что бой будет смертельным, он просит своих младших братьев в случае его гибели, продолжить биться с обидчиком. Степан Парамонович знал, что, в случае победы его все равно ждет за смерть царского любимца тяжкая расплата. И по воле царя казнили купца, похоронили на перепутье в поле. Но помнят люди, где его безымянный последний приют, остановятся, помянут, перекрестившись, пригорюнившись. Конечно же, симпатии автора и читателей на стороне Калашникова, который достоин уважения за то, что наказал Кирибеевича за поругание нравственных устоев, и сам принял за это казнь.
Предательство - основная идея. Впервые мотив предательства вводится в текст заглавием (Иуда в нашем понимании – уже предатель). Символическое значение идеи предательства выражается сравнением Иуды со скорпионом. Предательство – нарушение верности, в первую очередь - самому себе. Скорпион в минуту опасности жалит сам себя, предаёт себя, т. е. становится самоубийцей, как Иуда. Тема самоубийства звучит в самом начале повести при сравнения: "Он ссорит нас постоянно, - говорили они, отплевываясь, - он думает что-то свое и в дом влезает тихо, как скорпион, а выходит из него с шумом…". Идея предательства, определяющая главный смысл всего произведения, через сравнение выводит читателя на иной уровень интерпретации заголовка: всякое предательство превращается в предательство самого себя.
Необычное наполнение сравнения (ливанская роза, осьминог, скорпион) несет в себе колорит местности, описываемой в произведении, а также отражает настроение писателей и мыслителей рубежа веков, что проявляется в неоднозначной трактовке образа Иуды и человеческой природы в целом (трактовка добра и зла, отношение к возможностям рационального начала в человеке).
Особенность повести "Иуда Искариот" состоит в том, что в ней автор пытается найти выход из противоречия, спорит с самим собой, проверяя на прочность неверие в человека главного героя верой Иисуса Христа. Библейские сюжеты в творчестве Леонида Андреева — не просто пересказ. Они заключают в себе свой особый мир, близкий миру Андреева. Трактуют их по-разному. Одни говорят, что путем использования библейских сюжетов Андреев шел от атеизма к православию, другие - что наоборот, используя своеобразное “доказательство от противного”, он все более уверялся в правильности атеизма.