Каждый персонаж имел свой лейтмотив, поручаемый одному и тому же инструменту: утку изображал гобой, «крякающая» мелодия в нижнем регистре; дедушку — фагот, имитирующий ворчание; Петю - смычковые струнные инструменты (преимущественно скрипки), свободная и открытая мелодия в духе пионерского марша; птичку - флейта в высоком регистре, виртуозные пассажи; кошку – кларнет, тема изображает грацию и мягкую поступь кошки; волка - три валторны; охотников - литавры и большой барабан (изображение выстрелов), духовые инструменты (финальный марш). Перед началом выступления инструменты показывали детям и играли на них темы. За время исполнения дети слышали темы многократно и выучивались распознавать тембр инструмента — в этом педагогический замысел сказки.
Для органа 6 органных концертов (1717) 18 прелюдий и фуг (1700-17, 1723-39) 3 фантазии и фуги (1700-08), 5 токкат с фугами (1700-08) 3 прелюдии (1700-08) 8 маленьких прелюдий и фуг (1708-17) фуги (c-moll, G-dur, 1700-08; c-moll на тему Дж. Легренци, g-moll, h-moll на тему А. Корелли, 1708-09; c-moll, 1716) фантазии (h-moll, C-dur, h-moll con imitazione, C-dur неоконченная, 1700-1717) пассакалия (1716-17) пастораль (1703-07) канцона (1709) Allabreve (около 1709) педальное упражнение (Pedal-Exercitium, 1700-03) 46 хоральных прелюдий (включены в Органную тетрадь - Ог-gelbuchlein, для Вильгельма Фридемана Баха, около 1717) 6 хоралов, так называемые Шюблеровские хоралы (между 1746-50) 18 хоралов, так называемые Лейпцигские (последний - предсмертный - Пред твой трон явлюсь я - Vor deinen Thron trct'ich hiermit, 1747-50) 5 канонических вариаций на тему "С высот небесных" ("Vom Himmel hoch da komm ich her", 1746-47) 7 хоральных вариаций на тему "Христос, ты весь как светлый день" ("Christ, der du bist der helle Tag", около 1700) 9 хоральных вариаций на тему "О, боже, ты святый боже" ("О Gott, du frommer Gott", около 1700) 11 хоральных вариаций на тему "Привет тебе, Иисусе любезный" ("Sei gegrusset, Jesu gutig", около 1700 и позднее) 17 вариаций на тему "Хвала одному богу в небесах" ("Allein Gott in der Hoh'sei Ehr'", около 1705)
