Все мухи имеют некоторые морфологические признаки, сходные между собой.
Тело взрослой особи разделено на три отдела: голову, грудь и брюшко. Всё тело насекомых густо покрыто волосками.
Большую часть боковой поверхности головы занимают фасеточные глаза, за которыми расположены три простых глазка. Спереди прикреплены антенны, или усики, над основанием которых находится лобный пузырь. Последний у некоторых видов редуцирован. От нижней поверхности головы отходит хоботок. У большинства видов он лижущего типа. У кровососущих мух он колюще-сосущего или режуще-сосущего типов.
Грудной отдел представлен в основном среднегрудью. Переднегрудь и заднегрудь имеют очень маленький размер. Верхняя поверхность среднегруди называется среднеспинка. Её задняя часть представлена щитком, имеющим треугольную форму. По бокам груди расположены передние и задние пары грудных дыхалец.
Брюшко мухи может значительно увеличиваться в объёме за счёт растяжения мембран, соединяющих брюшные сегменты. Это важно для самок с созревшими яйцами и напитавшихся особей. На брюшке расположены брюшные дыхальца. Последние сегменты брюшка входят в состав полового аппарата — яйцеклада у самок и копулятивного аппарата у самцов. Яйцеклад в обычном состоянии втянут внутрь брюшка. При откладке яиц или рождении личинок он выдвигается наружу.
Лапка мух пятичлениковая, на последнем членике расположены органы осязания и вкуса.
Характер жилкования крыльев мух является важным диагностическим признаком.
Большинство видов мух яйцекладущи. Яйца мелкие, продолговатой формы. Хорион яйца беловатого цвета, ячеистый с точечным скульптурным рисунком.
Из-за большой важности вокруг огня возникали культы, которые, укрепившись, стали важны сами по себе как средство сполчения группы.