Заповедник основан в 1935-м году с целью разработки методов сохранения, восстановления и рационального природопользования экологических систем долины Хопра. Другой важнейшей задачей заповедника явилось сохранение и восстановление популяции Русской Выхухоли.
Находится в юго-восточной части Окско-Донской низменности, в долине реки Хопер. Территориально расположен в восточной части Воронежской области
При строительстве новых дорог или жилых комплексов не учитывается экология местности, а также другие живые организмы, для которых эта территория является ареалом обитания.
Из-за этого происходит миграции животных в другие районы, которые менее пригодны для жизни. Массово гибнут дикие растения и птицы.