Потому что, в родительном, дательном, творительном и предложном падежах в единственном числе и во всех падежах во множественном числе к корню прибавляется формообразующий суффикс -ен-/-ён-:знамя - знамени - знамён, имя - имени - имён;в словах семя, стремя в родительном падеже множественного числа к корню прибавляется суффикс -ян-: семя - семян, стремя - стремян;в родительном, дательном и предложном падежах в единственном числе имеют окончание существительных 3-го склонения -и: к знамени, нет времени, в пламени;в творительном падеже единственного числа имеют окончание существительных 2-го склонения -ем/-ём: знаменем, племенем, именем.
Т.к онги могут склоняться по-разному. Во всех падежах, кроме именительного и винительного единственного числа, существительные на -мя имеют на конце основы -мен. В родительном, дательном, предложном падежах единственного числа эти существительные оканчиваются на -и. Существительные бремя, вымя, пламя, темя не имеют множественного числа. Остальные шесть слов склоняются во множественном числе по второму склонению, лишь слова семя, стремя в родительном падеже множественного числа имеют форму на -ян: семян, стремян.
Остальные слова относятся к 3 склонению.