1. Палеонтологический метод. Заключается в изучении ископаемых остатков организмов, проживающих в геологические периоды, и сравнение их с ныне живущими видами или так же вымершими переходными формами.
2. Эмбриологический метод. Сравнение зародышей различных представителей животного мира на разных стадиях развития, нахождение сходств и расхождений.
3. Сравнительно-морфологический метод. Изучение внешнего и внутреннего строения одних видов, сравнение определённых морфологических частей организма одного вида с другим и нахождение сходств и различий между ними.
4. Биогеографический метод. Изучение географического положения популяций живых организмов, и сравнение их с предположительными данными о проживании других организмов в определённые геологические периоды, и на основании этого установление хода эволюции.
5. Генетический метод. Изучение хромосомных наборов видов, сравнение их между собой, и по мере нахождения сходств выстраивание эволюционной цепочки.
Спорангии одинаковые или чаще дифференцированы на 2 типа (микроспорангии и мегаспорангии) , гаметангии — всегда двух типов — мужские (антеридии) и женские (архегонии) . Как антеридии, так и архегонии защищены многоклеточными стенками. Женская гамета (яйцеклетка) всегда одна, неподвижна. Зигота у Высшие растения развивается в многоклеточный зародыш, который проходит первые стадии развития внутри женского гаметофита. Спорофит у Высшие растения, как правило, расчленён на 3 основных органа — лист, стебель и корень.
В большинстве случаев у Высшие растения развивается специальная проводящая ткань — ксилема и флоэма, у некоторых групп редуцировавшаяся. Имеется эпидерма с кутикулой и типичными устьицами. Хлорофилл у Высшие растения не содержит дополнительных пигментов, окраска фотосинтезирующих частей зелёная. Предками Высшие растения были какие-то морские водоросли. Достоверные ископаемые остатки Высшие растения известны начиная с силура.