Скелет земноводных устроен сложнее, чем у рыб (рис. 186). В их позвоночнике выделяют шейный, туловищный, крестцовый и хвостовой отделы. Единственный шейный позвонок подвижно соединяет голову с туловищем, но ее подвижность ограничена. К единственному крестцовому позвонку присоединяются кости тазового пояса. Земноводные лишены ребер, только у хвостатых видов (тритонов, саламандр) они небольшие. Череп преимущественно хрящевой.
Скелет конечностей включает кости свободных конечностей (передних и задних) и их поясов. Он имеет типичное для наземных позвоночных строение. Переднюю конечность образуют кости плеча, предплечья и кисти. Пояс передних конечностей (плечевой пояс) состоит из парных костей: лопаток, вороньих костей и ключиц. В месте соединения вороньих костей присоединяется грудина. Задняя конечность состоит из костей бедра, голени и стопы. Пояс задних конечностей (тазовый пояс) образован тремя парами сросшихся между собой костей.
Позвоночник рыб состоит из отдельных, не сращённых позвонков. Позвонки рыб амфицельные (то есть их обе торцевые поверхности вогнутые), между позвонками находится хрящевая прослойка; невральные дуги, расположенные сверху над телами позвонков, формируют позвоночный канал, защищающий спинной мозг. Позвоночник делится на два отдела — туловищный и хвостовой. От позвонков, которые находятся в туловище, в стороны отходят рёберные отростки, к которым прикрепляются рёбра. В хвостовом отделе позвоночника боковых отростков на позвонках нет, зато кроме невральной дуги имеется сосудистая (гемальная) дуга, которая прикрепляется к позвонку снизу и защищает проходящий в ней большой кровеносный сосуд — брюшную аорту. От невральных и гемальных дуг вертикально вверх и вниз отходят заострённые остистые отростки.