Выделительная система предоставлена мальпигиевыми сосудами, котрые открываются в кишечнике между передней и задней кишкой. Некоторые обладают коксальными железами- парными мешковидными образованиями , лежащими в головогруди. От них отходят извитые каналы, заканчивающиеся мочевыми пузырями и выводными протоками.
На головных сегментах располагаются ротовые органы - видоизмененные членистые конечности. Первая пара конечностей расположена перед ротовым отверстием и получила названия хелицер (отсюда и названием подтипа Хелицеровые) . Они состоят из 2-3 члеников и заканчиваются коготком, клешней или иголкой. При основании хелицер имеются ядовитые железы, и когда челюсти вонзаются в тело жертвы, яд через отверстие в коже попадает в ранку и убивает добычу.
Вторая пара конечностей помещается позади рта, ее называют ногощупальцами или педипальпами. Они состоят из нескольких члеников и могут иметь вид клешни или ходильных ног. Щупальца педипальп служат органами осязания, но иногда они участвуют в передвижении (сольпуги) , или они хватательные с клешнями (скорпионы) .
Брюшко у паукообразных не всегда сегментировано. Так, у пауков сегменты брюшка сливаются; у скорпионов брюшко четко сегментировано; у многих клещей все членики брюшка сливаются, а само оно срастается с головогрудью, образуя единое несегментированное тело.
Конечностей на брюшке у паукообразных нет, но у пауков некоторые из них видоизменились в паутинные бородавки.
Нервная система у представителей этого класса разнообразна, но общей чертой является высокое развитие надглоточного нервного узла, связанного с органами чувств. Головной мозг имеет более сложное строение, чем у ракообразных, брюшная нервная цепочка образована крупными нервными узлами.