Регуляція травлення здійснюється і нервовими, і гуморальними механізмами. Класичні дослідження процесів травлення і його регуляції були проведені І. П. Павловим і його співробітниками. Саме за ці дослідження І. П. Павлов був удостоєний Нобелівської премії. Він розробив цілий ряд експериментально-хірургічних прийомів — вживлення фістул в різні відділи шлунково-кишкового тракту, перерізання, формування «малого шлуночка» і т. д. Операції І. П. Павлова здійснювалися таким чином, щоб зберегти кровопостачання і іннервацію досліджуваних відділів шлунково- кишкового тракту. Досліди при цьому були хронічними, тварини встигали оговтатися після хірургічного втручання і були практично здоровими. Павлівській школою і наступними дослідниками були встановлені принципи регуляції травлення і всмоктування.
Вид і запах їжі призводять до виділення деяких кількостей слини, цей процес посилюється при попаданні їжі в ротову порожнину. Потрапляючи в ротову порожнину, їжа дратує смакові і механічні рецептори, і збудження від них надходить в центр слиновиділення довгастого мозку. Від нейронів цього центру нервові імпульси передаються на нейрони симпатичних і парасимпатичних центрів вегетативної нервової системи, иннервирующих слинні залози. Імпульси, які приходять по симпатичних волокнах, гальмують виділення слини, а парасимпатична імпульсація підсилює її виділення.
Виділення шлункового соку відбувається постійно, але воно посилюється вже при вигляді їжі. Відразу ж після прийому їжі подразнення рецепторів ротової порожнини приводить до запуску рефлексу виділення шлункового соку. Впливи, що приходять до шлунку по головному парасимпатическому нерву — блукаючому, стимулюють виділення соляної кислоти обкладочнимі клітинами стінок шлунка. Ці ж впливу призводять до виділення з клітин слизової оболонки кишечника пептиду гастрину, який з потоком крові, тобто гуморально, надходить до стінок шлунка, також стимулюючи виділення компонентів шлункового соку.
Коли частково переварена їжа порціями починає надходити з шлунку в дванадцятипалу кишку, шлункова секреція спочатку навіть посилюється, а потім поступово гальмується. Це пов’язано з тим, що під дією хімусу в стінках кишечника виробляється і надходить у кров антагоніст гастрину — секретин. Для того, щоб хімус зміг потрапити в кишечник, необхідно розкриття сфінктера, що знаходиться на кордоні шлунка та дванадцятипалої кишки. Це відбувається при подразненні рецепторів хімусом, мають кислу реакцію. Коли ж порція хімусу надходить у дванадцятипалу кишку і лужна реакція в ній тимчасово змінюється з лужною на кислу, сфінктер рефлекторно закривається. При надходженні харчових мас у дванадцятипалу кишку рефлекторно посилюється виділення соку підшлункової залози і жовчі в просвіт кишечника. Склад соку підшлункової залози змінюється залежно від кількості і складу їжі. Далі харчові маси, перемішуючись за до маятникоподібних рухів кільцевих і поздовжніх м’язів стінок кишечника, просуваються по тонкому кишечнику за рахунок перистальтичних рухів, які забезпечуються скороченнями кільцевих м’язів. Регуляція рухів кишечника відбувається головним чином за рахунок впливів, що приходять по блукаючому нерву — вагусу. Однак стінки кишечника володіють певною автоматией: якщо вагус перерізати, то перистальтичні рухи зберігаються.
Як вже було сказано, в товстому кишечнику концентруються неперетравлені харчові залишки, що втрачають воду і перетворюються в калові маси. З прямої кишки кал віддаляється через анальний отвір, причому дефекація є рефлекторним актом, нервові центри якого розташовані в поперековому і крижовому відділах спинного мозку.
Молочнокислые бактерии являются одной из немногих бактериальных групп расти ниже рН 5. Хотя молочнокислые бактерии растут в кислых условиях, при рН сусла и вина рост плохой. Например, виды Лактобациллы и Педиококки обычно перестают расти ниже pH 3,5.