В произведениях И.С.Баха синтезировались и необычайно обогатились достижения инструментальной полифонии XVI — XVII веков и гармонии того времени. В творчестве Баха широко развиты и полифонический, и гармонический склады. Гармония Баха отличается особой сложностью и по составу аккордов сложнее аккордики венских классиков.
В области гармонии Бах — величайший новатор, открывший целый ряд новых гармонических средств, предвосхитивших венскую и даже романтическую музыку.
Тональный план определяется тональностями I степени родства, выступающими как отклонения в небольших инструментальных пьесах или в номерах из кантат. Характерно тонико-доминантовое соотношение разделов. Характерен и параллельный мажор в середине минорных пьес. Это предвосхищает сонатную форму, тональное соотношение главной и побочной партий.
Протяженность полифонических и мелодических линий у Баха вызывает преодоление полных кадансов в гармонии. В связи с прерванными кадансами, многочисленными отклонениями и с побочными доминантами нередко возникает цепь диссонирующих аккордов, полифонически сопряженных.
Наряду с аккордами главных ступеней часто встречаются аккорды побочных ступеней, в том числе обращения этих аккордов.
Сложная мелодическая фигурация в нескольких голосах (смешанная) вызывает подчас резкие переченья.
Как очарованный стою над дымной бездною твоею
И, мнится, сердцем разумею речь безглагольную твою...