Родился в баскской семье, имел трёх братьев. В молодости был наёмником, воевал в Италии. Заработав денег, обосновался в Севилье, стал капитаном торгового судна. Разорился и оказался под угрозой тюрьмы; чтобы записался в экспедицию Фернана Магеллана.
В апреле 1520 года участвовал в мятеже офицеров Магеллана, отчаявшихся в поисках пролива между Атлантическим и Тихим океаном и собиравшихся развернуть корабли. Во время бунта получил командование галеоном «Сан-Антонио». Тем не менее, получил пощаду, как и остальные мятежники, кроме совершившего убийство Кесадо.
Известен тем, что возглавил экспедицию Магеллана после смерти последнего и завершил её 8 сентября 1522 года, приведя корабль «Виктория» из Юго-Восточной Азии в Испанию. Обратный путь Элькано был очень рискованным, так как, чтобы избежать столкновений с португальцами, он вёл «Викторию» через южные воды Индийского океана и вокруг Африки, не приближаясь к берегу. Хотя часть экипажа стала требовать от капитана взять курс на принадлежащий португальской короне Мозамбик и сдаться в руки португальцев. Однако большинство моряков и сам капитан Элькано решили любой ценой попытаться доплыть до Испании. «Виктория» с трудом обогнула мыс Доброй Надежды и затем два месяца без остановок шла на северо-запад вдоль африканского побережья.
18 марта 1522 года Элькано открыл остров Амстердам, но не дал ему никакого названия. Кроме него, Испании достигли ещё 17 человек команды «Виктории» (позже вернулись ещё задержанные португальцами на Островах Зелёного Мыса моряки с «Виктории» и 4 человека из команды корабля «Тринидад» (исп.)). В отличие от Магеллана, не рассчитывавшего после «островов пряностей» продолжать путь на запад, Элькано сознательно выбрал кругосветный маршрут.
Карта первого кругосветного путешествия Фернана Магеллана и Хуана Себастьяна ЭльканоЗа данную экспедицию король Карлос I (он же император Карл V) присвоил Элькано личный герб, на котором в числе прочего был изображён земной шар с девизом Primus circumdedisti me (лат. Ты первый обогнул меня), и назначил ежегодную пенсию.[1][2] На основе его рассказов императорский секретарь Максимилиан Трансильван составил первый отчёт о путешествии, получивший большую известность в Европе.
Элькано также участвовал в качестве капитана одного из кораблей в экспедиции Гарсиа Хофре де Лоайса, которая направлялась по проложенному Магелланом пути к Островам Пряностей. Плаванье выдалось очень тяжёлым, и смертность на кораблях была крайне высока. 30 июля 1526 умер адмирал Лоайса, назначив своим преемником именно Элькано, который сам к тому времени был тяжело болен. Но ему не было суждено долго пробыть адмиралом. 6 августа его Андрес Урданета отмечает в своём журнале: «Скончался доблестный сеньор Xуан Себастьян дель Элькано». В тот же день волны сомкнулись над телом покойного. Новый командир Торивьо Алонсо Саласар увидел землю (один из Маршалловых островов) две недели спустя.
На родине мореплавателя, в Гетарии, память его увековечена каменной плитой с надписью: «… достославный капитан Хуан Себастьян дель Кано, уроженец и житель благородного и верного города Гетарии, первый обогнувший земной шар на корабле „Виктория“. В память героя поставил эту плиту в 1661 году дон Педро де Этаве-и-Ази, кавалер ордена Калатравы. Молитесь за упокой души того, кто первый совершил путешествие вокруг света».
Имел внебрачного сына Доминго Элькано, рождённого от Марии Эрнандес Дерниальде.Хуа́н Себастья́н дель Ка́но (позднее фамилия изменена на более благозвучную Элька́но; исп. Juan Sebastián del Cano (Elcano), баск. Juan Sebastian Elkano; 1486/1487, Гетариа, Страна Басков, провинция Гипускоа, Королевство Кастилия, ныне Испания — 4 августа 1526, Тихий океан) — испанский мореплаватель, первый человек, обогнувший земной шар.
