Стратегической целью джунгар являлось увеличение территорий для кочевья путём присоединения соседних земель Казахского ханства. Джунгары представляли военную опасность не только для казахов, но и для Средней и Центральной Азии, а также для Российской империи.
Чтобы положить конец политической раздробленности, в Бухарском ханстве необходимо было восстановить и усилить центральную власть. Этого нельзя было достичь без кровопролитной борьбы. В этой ситуации на политическую арену выходит сын шейбанида Султана Искандерхана, правитель Мианкаля Абдуллахан (1534-1598).
Большую поддержку Абдуллахану в этой борьбе оказал влиятельный шейх Мухаммад Ислам (1493-1563), живший в селении Джуйбар близ Бухары. Мухаммад Ислам и его потомки по отцовской линии являлись потомками пророка Мухаммеда, а по материнской линии — Чингизхана и Джучихана. Благодаря высокому происхождению и влиянию в среде суфистов, джуйбарские шейхи занимали высокие государственные посты со времен Саманидов. Во второй половине XVI века шейх Мухаммад Ислам, а затем его сын шейх Абубакр Саид занимали в Бухаре пост шейх-ул-ислама.
В 1556 году при поддержке Мухаммада Ислама Абдуллахану удалось занять бухарский трон. Мухаммад Ислам от имени Аллаха дал согласие действиям Абдуллахана. Хотя формально он объявил ханом сначала дядю Пирмухаммада, правителя Балха и Бадахшана, позже отца Искандерхана, государственные же дела вел сам Абдуллахан II.
Вся эпоха правления Абдуллахана в военных походах. Так, он завоевал и присоединил к своему государству Балх в 1574 году, Самарканд в 1578 году, Ташкент и Фергану в 1583 году, Бадахшан в 1584 году, Хорезм в 1595 году. Позже территория его государства расширилась на юге от Герата до Мешхеда, на севере — от Аральского моря и Каспия до Иссык-Куля. Таким образом, весь Мавераннахр, Хорезм и Хорасан объединился под властью единого правителя. К концу XVI века Бухарское ханство превратилось в централизованное государство.
Итак, в XVI веке в истории узбекской государственности большая роль принадлежала династии Шейбанидов. При одном из ярких представителей династии Абдуллахане II узбекская государственность достигла высшего уровня своего развития.
В XV веке на территорию современного Казахстана начали проникать ойраты — западномонгольский народ, недавно основавший собственное государство. Желая расширить территории своих кочевий за счёт Центральной Азии, ойраты стремились взять под свой контроль торговые пути и захватить оседло-земледельческие оазисы в Семиречье. В середине XV века произошло несколько сражений между ойратами и казахами под руководством Керей-хана и Жанибек-хана. В книге «Удивительные события» позднесредневекового таджикского писателя Васифи в первой половине XVI века, во время правления Тахир-хана, для обороны от набегов ойратов в была построена крепость Джатан (или Джашан, подтвердить факт существования крепости и её расположение современной науке не удалось)[4]. В конце XVI века Тауекель-хан нанёс ойратам ряд крупных поражений и подчинил часть их родов. Однако ослабление Казахского ханства из-за внутренних распрей обусловило укрепление позиций нового государства — Джунгарского ханства, основанного в XVII веке «левым крылом» ойратских племён (западной частью ойратов)[5].
Первые столкновения между Казахским и Джунгарским ханствами начались в 1635 году, сразу после возникновения нового государства[5].