Во-первых, мы можем сказать, что была смута. Она длилась с 1598 - 1613 год. Было недовольство служилых людей, крестьян, пересечение династии Рюриковичей, отмена юрьева дня, кризис и голод. В 17 веке, происходили так называемые бунты. Сам век был бунташным. Просиходили различные войны, восстания и тп. Например, соляной бунт, который был в 1648 году. Подняли цены на соль, и крестьяне, точнее все люди были ли недовльны этим. Медный бунт, восстание степана разаина и болотникова, и восстание 1682 года.
Конец XVI - начало XVII века были преддверием Смуты. Сразу несколько факторов работало на то, чтобы в России в скором времени начался глубокий кризис.
Первый фактор был природным. Это был Великий голод 1601-1603 годов, вызванный глобальным похолоданием климата в результате извержения вулкана Уайнапутина в Южной Америке. Во всем мире настала холодная погода, но Россия, изначально холодная страна, была подвержена бедствию больше других. В результате начались неурожаи, недороды, резкое падение уровня жизни населения.
Вторым фактором были последствия опричнины. Опричникам Ивана Грозного удалось уничтожить всех врагов государства, но на их землях настало запустение и разруха. Опричники ничего не делали для того, чтобы наладить на землях казненных новое управление, они убивали и уезжали. В результате в целых регионах наступала анархия, росло количество разбойничьих шаек, крестьяне бежали с земли.
Третьим фактором было растущее недовольство всех сословий. Бояре после опричного террора чувствовали, что время их власти уходит, и ненавидели дворян, число которых продолжало расти. Дворяне нуждались в новых землях с крестьянами, земли получить они могли, а вот крестьян после опричного разора и Великого голода для них не было. Казаки опасались, что государство примется за них и начнет уничтожать их вольности.
Наконец, четвертым фактором, дестабилизовавшим положение в обществе, была низкая легитимность Бориса Годунова как царя. Он не был рожден царем, а стал им в результате пресечения династии Рюриковичей Московских. На это наложился Великий голод, который недоброжелатели Годунова стали трактовать как знамение о том, что он незаконно захватил престол.
Совокупность этих факторов в конечном итоге и породила Смутное время.
В годы Смуты Кострома была захвачена.
Архимандрит Феодосий и Арсений в 1608 году отправились в Тушино, где и принесли присягу Лжедмитрию II. «Тушинцы» грабили города. В ноябре 1608 года восстал Галич, в декабре началось восстание в Костроме. Для подавления восстания в Кострому отправился отряд Лжедмитрия II (во главе с Лисовским), его поддерживала местная знать. Восстание было подавлено. 30 декабря 1608 года польские отряды ворвались в монастырь, разграбили и сожгли его.
В конце февраля 1609 года костромичи восстали снова. В конце апреля к монастырю подошло войско Василия Шуйского (во главе с мангазейским воеводой Давыдом Жеребцовым) и приступило к осадным работам. В мае Лисовский попытался деблокировать Ипатьевский монастырь, но потерпел неудачу. Костромская цитадель была захвачена Жеребцовым лишь в сентябре 1609 года. Костромские отряды (под руководством Прокопия Ляпунова, Ивана Заруцкого и князя Дмитрия Трубецкого,) пытались в 1611 году положить конец интервенции поляков в Москве. В 1613 году был призван на царство Михаил Фёдорович Романов, и, таким образом, был положен конец Смуте, а Кострома стала «колыбелью» царской и императорской династии Романовых.