Есть сведения[10] о двух посланиях папы римского Иннокентия IV Александру Невскому. В первом папа предлагает Александру последовать примеру отца, согласившегося (папа ссылался на Плано Карпини, в трудах которого данное известие отсутствует) перед смертью подчиниться римскому престолу, а также предлагает координацию действий с тевтонцами в случае нападения татар на Русь. Во втором послании папа упоминает о согласии Александра креститься в католическую веру и построить католический храм в Пскове, а также просит принять его посла — архиепископа Прусского. В1251 году к Александру Невскому в Новгород приехали два кардинала с буллой. Почти одновременно во Владимире Андрея Ярославича с Устиньей Даниловной венчал митрополит Кирилл — сподвижник Даниила Галицкого, которому папа предлагал королевскую корону ещё в 1246—1247 годах. В том же году литовский князь Миндовг принял католическую веру, тем самым обезопасив свои земли от тевтонцев. По рассказу летописца, Невский, посоветовавшись с мудрыми людьми, изложил всю историю Руси и в заключение сказал: «си вся съведаем добре, а от вас учения не приимаем».
Для укрепления экономического положения государства правительство Годунова на церковном Соборе в 1584 г. добилось отмены податных льгот церкви и монастырей. В это же время проводится перепись земель для учета всего земельного фонда, в связи с чем запрещаются крестьянские переходы в Юрьев день, а в 1597 г. издается указ о пятилетнем сроке сыска беглых крестьян. Это было важным этапом в установлении крепостного права в России, укреплявшим тем самым экономическое положение служилого дворянства. Но крестьянин прикреплялся еще не к личности помещика, а к земле. Кроме того, прикрепление касалось только хозяина двора, но не его детей и племянников.
Стремясь ограничить экономическое могущество церкви, правительство Годунова, вместе с тем, заботилось о росте ее авторитета, что нашло выражение в учреждении в 1589 г. патриаршества в России (русская церковь добивалась этого с середины XV в.) . На церковном Соборе первым московским патриархом был провозглашен Иов - ревностный сторонник Годунова. Учреждение патриаршества делало русскую православную церковь юридически независимой от константинопольского патриарха.