Еще в 1845 году Российская Империя начала колонизировать земли у Аральского моря, которые являлись на территории Казахстана. Недовольство казахского народа появилось пять лет позже, в 1850 году. В начале 1850-х годов государство России назначило своего ставленника Арслана Джанторина, что вызывало недоверие людей. Через некоторое время спустя русское правительство вообще начало отнимать у них поливные земли – теперь их терпение полностью иссякло и в результате началось восстание, возглавляемое батыром Жанкожей Нурмухамедовым.
Жанкоже удалось собрать огромную армию из 300000 людей, с которой он затем пытался штурмовать российскую крепость. Однако, его полк оказался очень плохо организован, и был быстро обращен в бегство русскими войсками. Сам Жанкожа бежал в Китай.
Восстание Жанкожи происходила у реки Сырдарьи. В то же время у побережья Аральского моря происходило восстание Есета Котибарова. Этому батыру удалось сделать несколько успешных операций, например, разгром Арслана с его отрядом, но в итоге он был подкараулен и взят врасплох русскими военными. Есету пришлось кпитулировать, и он был прощен и отпущен правительством России.
Россия быстро подавило восстание казахов благодаря своей многочисленной и дисциплинированной армии, поэтому руководители обоих восстаний немногим повлияли на исход войны. В ходе боевых действий были сожжены многие аулы, а народ Казахстана подвергся жестоким репрессиям.
Предводитель этого племени Мухаммад Амин, опираясь на поддержку сословий крупных аристократов и духовенства, поднялся на должность инока. Он вел борьбу против туркменских племен явмут и говдуз. Но потерпев неудачу, он отправляется в Бухару — к Даниялбию-аталыку. Туркменские племена, захватив Хорезм, разоряют города Хазарасп, Ханки, Ургенч, Кат, Шахабад. От голода и холеры узбеки были вынуждены отступить к Аралу и Бухаре.
В 1770 году Мухаммад Амин, вернувшись в Бухару, организует борьбу против явмутов и выгоняет их из Хорезма.
Мухаммаду Амину удается подчинить и местных беков. Однако сам он был не ханского рода, поэтому на престол был возведен Абдулфайзхан Болакайхан. На деле он стал марионеткой в руках Мухаммада Амина. В 1782 году, отбив нападения войск Бухарского эмирата, Мухаммаду Амину удается сохранить независимость Хивинского ханства. Мухаммад Амин в течение 20 лет управлял Хивинским ханством, 13 раз меняя подставных ханов.
В своем правлении Мухаммад Амин опирался на поддержку богатого слоя своего племени, торговцев и священников и умело использовал конфликты среди туркменских племен. Мухаммад Амин сумел создать в стране относительно спокойную политическую обстановку. Все это обеспечило экономический подъем страны. Снова начали возвращаться люди, которые ушли на чужбину, чтобы свою жизнь. В период правления Аваза Мухаммада Хивинское ханство с экономической стороны наиболее окрепло.
И Мухаммад Амин, и его сын Аваз (1790-1804) управляли государством в сане инока. Псевдоханы выдвигались из числа казахских чингизских войнов. На деле власть управлялась со стороны инока и специального совета. В состав совета входили кушбеги, мехнат, визирь и аталыки. Инок и совет вели дело от имени псевдохана.
Только во времена правления Элтузара (1804-1806), сына Аваза, прекратились приглашения псевдоханов со стороны. В 1804 году свергнув приглашенного со стороны псевдохана Абулгази, Элтузар объявил себя ханом. Таким образом, Кунгратская династия официально заняла престол Хивинского ханства. Эта династия до 1920 года управляла Хивинским ханством.
Элтузархан в ханстве стремился вести централизованную государственную политику. В 1804 году Элтузархан пошел войной на Бухару. В 1806 году во время решающего боя на берегу Амударьи войска Хивинского ханства были разгромлены, Элтузархан погиб.