в 1396 году гус получает степень магистра и остается на должности преподавателя. главной темой своей преподавательской деятельности он избирает труды джона уиклифа – богослова и праотца движения лоллардов и протестантизма, обвиняемого римской церковью в ереси. в учении яна гуса содержится критика богатства церкви и абсолютной власти папы. творчество уиклифа, дискуссии о котором разворачивались на семинарах, оказало ключевое влияние на ум гуса, переориентировав его взгляд в сторону реформаторства и критики пороков церковного руководства и клириков. в 1402 году гус становится ректором пражского университета и деканом факультета искусств при короле вацлаве iv.