Свободомыслие имеет глубокое и древние корни в познавательной и практической деятельности человека, его обусловившие гносеологические и социальные факторы - овладение знаниями и силами природы, общественные протестные движения. Уже в древних памятниках письменности, созданных на ранней стадии развития цивилизации, таких, как, например, шумерский новисть о страданиях невинного, египетская "Песнь арфиста", в индийских эпосах "Махабхары-и" и "Рамаяна" имеют место свидетельства широко распространенного в те времена стихийно-атеистического мировоззрения. Наблюдения природных явлений наводило на мысль, что они осуществляются без внешнего вмешательства, что вещи возникают благодаря действию природных сил или деятельности человека. Отсутствие веских свидетельств приводило к сомнению, а то и до прямого отрицания существования загробного мира и бессмертия души. Существующая в мире несправедливость порождала критическое отношение к официальным культов и жрецов. Свободомыслие как образ мышления связан с критикой религиозных верований возникает в Древней Индии, Китае, Греции параллельно с развитием философии, которая, в свою очередь, не удовлетворяется мифологическим объяснением мира и ищет для этого разумные, рациональные, логические основания. В античной Греции, а затем в Риме, религия доминировала не только в духовной жизни, но и в общественной как государственный культ, посягательство на веру в богов воспринималось как покушение на существующий строй и образ жизни. Платон (427-347 до н.э.) убеждал, что атеисты хуже идолопоклонников-иноверцев, их существование недопустимо в любом обществе, поскольку разрушает его основы, ничто их не может удержать от "нечестивой дела" и "беззаконного слова". По Платону, атеизм - это общественная болезнь, источник смут, беззакония, безнравственности. В античные времена преследовали всех, кто отрицал божества государственного культа или народные верования, не принимал участия в религиозных церемониях и обрядах. По обвинению в неверии в богов и "развратные молодежи" был осужден на смерть Сократ. Критий (V в. До н.э.) открыто заявил, что страх людей перед богами используется правителям, чтобы творить зло. Демокрит видел причину возникновения религиозных верований в страхах людей перед небесными явлениями - громом, молнией, солнечным затмением т.д.. В средневековье религия приобретает господствующей формы мировоззрения и идеологии. Церковные догмы стали исходными элементами мышления. Позиции религии и церкви взрывали только антиклерикальные и еретические движения. Уже в XIII в. развивается религиозный скептицизм Сигера Брабанського в виде учения о двойственной истине, то есть о том, что "истины разума", полученные усилиями самого человека, могут отличаться от "истинами веры", божьего откровения.
При Генрихе IV был издан в 1598 году Нантский эдикт. Генрих IV старался в нем примирить гугенотов с католиками. Эдикт объявлял католицизм государственной религией Франции. По всей Франции восстанавливалось католическое богослужение. Католическому духовенству возвращались земли и прочее имущество.Но одновременно и гугеноты получили возможность исповедовать свою религию. Гугеноты получили право собирать свои церковные съезды (синоды) и особые политические совещания. Они получили право иметь при короле своих особых представителей. Им было оставлено около 200 крепостей в качестве гарантии выполнения правительством статей эдикта.Нантский эдикт был первым в Западной Европе примером установления религиозной веротерпимости. Генрих IV рассчитывал, что такая мера будет вать подчинению гугенотов центральному правительству.
Гугеноты— название с 16 века франзуцов протестантов . Происходит от франко-швейцарского и означает члена женевского протестантского союза против герцога Савойского. Причины религиозных войн во Франции заключались в том, что промежуточные мирные договоры, предполагающие небольшие уступки протестантам, не удовлетворяли ни одну из сторон. Из-за этого противоречия конфликт возобновлялся снова и снова. Свобода вероисповедания была установлена на территории всей Франции, кроме Парижа.В 1572 году своей кульминации достигли религиозные войны во Франции. 16 век знал множество кровопролитных и трагических событий. Но ни одно из них не могло сравниться с Варфоломеевской ночью. Так в истории была названа массовая резня гугенотов, устроенная католиками. Трагедия произошла 24 августа 1572 года в канун дня апостола Варфоломея. Сегодня учёные дают разные оценки тому, сколько тогда было убито протестантов. Подсчёты дают цифру приблизительно в 30 тысяч человек – величину, небывалую для своего времени.