Годунов не прибегал к массовым казням, но беспощадно убирал соперников, а потом тайно организовывал их убийства. За ним стал тянуться шлейф страшных слухов. Ссылки, тайные расправы — все это связывали с именем ненавистного Годунова. С его же именем отождествляли рост налогов, которые увеличились в 1580-е гг. в 1,5 раза. С 1588 г. началось десятилетие фактического правления Бориса. Царь Федор Иванович ему небывалый до той поры на Руси титул правителя. Борис получил право самостоятельного сношения с иностранными государствами, которое использовал, чтобы завоевать популярность в Европе. При его покровительстве английские и другие иностранные купцы приобрели большие льготы в России. В 1589 г. Годунов своему ставленнику, митрополиту Иову овладеть титулом Патриарха. Усилившаяся Русская Православная Церковь стала его прочной опорой.