Місцем народження вважається Чигирин, як рік народження вказують або 1595[4]:70[5] або 1596[6]:153 рік. При хрещенні отримав імена Богдан-Зиновій; другим ім'ям ніколи не користувався[7].
Батько — чигиринський підстароста Михайло Хмельницький — перебував на службі у коронного гетьмана Станіслава Жолкевського, потім у його зятя Івана Даниловича. Історики мають надзвичайно мало відомостей про Михайла Хмельницького. Досі невідомо, з якого поселення — Хмільника, Хмелева, Хмеліва, Хмельного чи Хмелівки — походив рід Хмельницьких. Іван Крип'якевич припускав, що він — вихідець із с. Хмельника, розташованого у Перемиській землі. Є версія про польське (мазовецьке) походження Михайла, котру не підтримують українські історики[8]. Роберт Маґочі у своїй історії України пише про білоруське походження Михайла Хмельницького[9].
Матір походила з козацького роду[10].
На портреті того часу, внизу, розміщений герб Сирокомля Богдана Хмельницького[11]. Факт шляхетства Хмельницького не доведений. За найпопулярнішою версією, його батько — шляхтич, внаслідок баніції був позбавлений титулу.
Згодом шляхетство отримав син гетьмана — за гербовниками Каспера Несецького (1715—1724, Львів) та Яна Непомуцена Бобровіча (1835) — з 1659 року Хмельницькі користувалися гербом Масальських (пол. herb Masalski), саме ним король Ян II Казимир офіційно нагородив Юрія Хмельницького під час нобілітації. Звідси ще одна поширена версія, за котрою Хмельницькі походили з руського шляхетського роду Масальських — нащадків чернігівських князів.
Освіту здобув у Львівській єзуїтській колегії[12] чи Ярославі[13].
