Система воспроизводства рыб представлена половыми железами или гонадами (у самцов – семенник, у самок – яичник) и выводными протоками.
Круглоротые имеют примитивную систему воспроизводства. Они все раздельнополые, имеют непарные гонады дольчатого строения. Выводные протоки у них отсутствуют и зрелые половые продукты через разрывы стенок гонады попадают сначала в полость тела, а затем через половые поры поступают в мочеполовой синус и выводятся наружу. Оплодотворение у круглоротых наружное.
Хрящевые имеют сложную систему воспроизводства, им свойственно внутреннее оплодотворение, яйцеживорождение, а у некоторых живорождение.
Самцы хрящевых рыб имеют парные семенники, от них отходят семявыносящие каналы, которые, пройдя через переднюю часть почек, попадают в вольфовы каналы. Передняя часть почек выделительной функции не несет и превращается в придаток семенника. Вольфовы каналы на ранних этапах развития выполняют роль мочеточников и семяпроводов, у взрослых рыб, когда появляются обособленные мочеточники, только роль семяпроводов. В задней части семяпровода у половозрелых самцов образуется расширение – семенной пузырек. Семяпроводы правой и левой стороны открываются в полость мочеполового сосочка. Рядом с ними туда же открываются отверстия тонкостенных полых выростов – семенных мешков (остатки мюллеровых каналов). Мочеполовой сосочек открывается в полость клоаки. Формирование мужских половых клеток происходит в канальцах семенника. Недозревшие сперматозоиды по семявыносящим канальцам попадают в переднюю часть почки (придаток семенника) и в его канальцах дозревают. Зрелые сперматозоиды, пройдя по семяпроводу, скапливаются в семенных пузырьках и семенных мешках. Во время оплодотворения стенки семенных пузырьков и семенных мешков сокращаются, и сперматозоиды выбрасываются в клоаку самца, а затем с птеригоподий (копулятивных органов) вводятся в клоаку самки (внутреннее оплодотворение).
