На положении населения страны войны и петровские преобразования сказывались негативно. Введение новых податей и повинностей, рекрутская повинность, например. На строительство и промышленные предприятия сотнями сгоняли мастеровых, посадских и крестьян. Все это вызывало недовольство и крестьян, и посадских людей. Кроме того, переход к новому укладу жизни, существенные перемены проходили очень болезненно для всего общества.
Народные восстания возникали главным образом на юге страны (Астрахань, Дон, Южный Урал). Эти восстания носили антиправительственный характер. Восставшие протестовали против непомерного бремени налогов и податей, но были неорганизованными, стихийными. Поэтому были быстро подавлены правительственными войсками.
В истории, написанной «победителями» в XVI в. и, к сожалению, до сих пор (начало XXI в.) тиражируемой некоторыми авторами, происходит подмена возможных альтернатив в развитии страны в середине и второй половине XVI в.: а) в современной учебной литературе нередко можно встретить тезис о том, что в XVI в. выбор был между централизацией (опричниной) и сепаратизмом (политикой бояр). С этих позиций сделанный Иваном Грозным выбор был правильным, прогрессивным: лучше централизация (опричнина), пусть и проведенная варварским чем ослабление центральной власти, сепаратизм, которые вели к гибели государства; б) мы считаем, опираясь на работы вышеназванных исследователей, что в середине XVI в. Россия стояла совсем перед другим выбором. Реформы Избранной рады и политика опричнины – это два разных формирования централизованного государства. Как показали С. Б. Веселовский, А. А. Зимин, Н. Я. Эйдельман, В. Б. Кобрин и другие, ни боярство, ни дворянство в тот период не отстаивали идеи ослабления центральной власти. Таким образом, выбор общества состоял в следующем: 1) сословно-представительная монархия, то есть сильная центральная власть, хотя бы частично ограниченная парламентом, местным самоуправлением, законом (правами и свободами элиты) плюс некоторая свобода частного предпринимательства в экономике (предбуржуазный путь развития). Именно по этому пути в XV–XVI вв. пошли наиболее развитые страны Западной Европы, в этом же направлении повели Россию в 50-е годы XVI в. деятели Избранной рады. Или: 2) самодержавие – никем и ничем неограниченная монархия плюс крепостное право. Россия в силу ряда объективных и субъективных причин выбрала второй путь.