Воскресенский Ново-Иерусалимский монастырь основан в 1656 году патриархом Никоном, в то время только что начавшим церковную реформу. Патриарх распорядился о строительстве нового монастыря. Причем не просто монастыря, а будущего религиозного центра всего православного мира. По замыслу, он должен был копировать сооружения Святой Земли (и называться Новый Иерусалим), а главный собор — храм Гроба Господня в Иерусалиме.
Согласуясь с этой идеей, произошли некоторые изменения и в названиях окрестностей. Так реку Истру переименовали в Иордан, окрестные холмы и деревни получили новые, библейские, названия, как то Вифания, горы Фавор и Елеон, поток Кедрон. Перед началом постройки монахи привезли из Палестины чертежи Иерусалимских храмов. Масштабы Нового Иерусалима были намеренно уменьшены. Это показывало, что монастырь не пытается заменить Святую Землю, а лишь служит ее образом.
Строительство монастыря началось в 1658 году. В том же году, патриарх Никон объявил о сложении с себя сана патриарха и удалился в скит при монастыре. Скит патриарха Никона сохранился до сих пор. Это четырехэтажное здание, в котором размещались две церкви, хозяйственные помещения, кельи, в том числе келья самого Никона. После смерти патриарх был погребен на территории Ново-Иерусалимского монастыря.
